酵素是蛋白质的一种，蛋白质的主要成分是氨基酸，所以酵素也是由氨基酸组成的。然而并非蛋白质就是酵素，只有蛋白质且具有特殊的三度空间构造，又能进行生物化学反应才是酵素。例如把淀粉分解为葡萄糖需要淀粉分解酵素，在人体唾液、肠胃中都能发现这类酵素，然而人体肌肉中的蛋白质就没有分解淀粉的功能，所以它不是酵素，两者的主要差异在于结构。因结构不同，形成的功能自然也会不同，这就是酵素与一般蛋白质最大的差异。
六大营养素是指蛋白质、碳水化合物、脂肪、维生素、矿物质和纤维这六种。如果加上水的话，就成为七大营养素。正如之前提到的，维生素是辅酶酵素的辅剂，应该算是酵素的孩子，身为父母的酵素没有被纳入七大营养素中，是因为人们对酵素的正确认识比较晚而且有些曲折。这是因为之前索姆纳发表“酵素的本质是蛋白质”，扭曲了酵素的本质，再加上巴布金教授提出“酵素可以无限制造出来”的错误理论，使得正确的酵素研究，正如豪尔博士所言“延迟了50年”。
酵素的本质不是蛋白质。为什么会这么说?是因为虽然酵素有蛋白质围绕，但这只是外壳而已，真正的酵素是以蛋白质为骨骼而存在的“生命力”。假如蛋白质是本质的话，那么激素(荷尔蒙)也算是蛋白质了。
后来的发展过程中，研究证实酵素具有“在生物体内产生化学反应的触媒”的作用。1837年瑞典的贝尔塞里斯提出化学反应触媒这个概念。“酵素是触媒”的概念并没有错，但这并不能涵盖酵素所有的作用。因为酵素是活的，加热到48摄氏度以上时就会死亡，所以它不算是“纯粹的触媒”。结论应该是：“酵素存在于酵母中，是以蛋白质为骨骼、具有触媒作用的生命力”。
那么，究竟什么是“触媒的作用”呢?
特定的酵素会对某种特定物质产生作用，使其进行特定的反应。这就是“酵素的特异性”。我们每天吃进去的食物的种类多样，但是不论吃什么，体内都会有酵素配合食物的性质来发挥作用。
比如，吃饭的话，就会出现淀粉酶，这是一种主要溶解淀粉成分的酵素。淀粉酶与葡萄糖相连时，会将其分解为淀粉，但却无法分解纤维素。
经口摄取蛋白质时，蛋白酶会发生作用，这种酵素会把蛋白质分解为氨基酸。摄取脂肪(脂质)时，则由脂肪酶发挥作用，将脂肪分解为多元的乙醇和脂肪酸。
在人体中，酵素会根据食物的种类产生特异反应。数千种酵素各自进行不同的反应。原则上，一个反应存在一个对应的酵素，数千种反应同时进行。酵素只会对特定的物质产生作用，进行特定的化学反应，它就是这种具有优秀能力的“活触媒”。所有存在于地球上的生命体都有酵素。酵素主要是由蛋白质构成的，而蛋白质是由20种氨基酸所构成。
酵素的大小依种类的不同有很大差异，约为5～20纳米。l纳米是1 mm的百万分之一的长度，即便用显微镜也看不到。形状为球状，存在于DNA的构造上。
酵素的反应速度极快，为10的7次方至20次方倍，也就是说具有产生加速反应(消化)的触媒作用的速度为手工作业的100万倍(10的七次方倍)。换句话说，通常要花一千万小时产生的反应，酵素只要花一小时有时甚至一分钟就可以完成。
