通常情况下，发酵成熟的微生物酵素中的益生菌的存活期在10～15天，它们很容易在保存的过程中失活，如何延长其保存期限一直是诸多企业人员的研究重点.现在常见的延长益生菌存活期的手段包括：筛选优秀菌种提高其耐酸、耐氧能力；通过“微囊包埋技术”让活菌和氧、酸等隔离．微囊包埋技术被广泛应用在微生物、动植物细胞、酵素、其他多种生物活性物质、化学药物的固定化等方面。，常用的微囊是海藻酸微囊和聚赖氨酸微囊，但制备技术复杂，因此对包埋效率、包埋产率、稳定性的要求也是非常高的，对包埋物质的生物活性有一定的影响，价格昂贵，所以并未被普及使用。
益生菌只有在有活性的情况下进入人体才能繁殖，失活的益生菌不能定殖在胃肠道内，也无法给免疫系统传达有益信号．更无法形成独特的黏膜免疫屏障。不过它还是能发挥一些保健功效的。
有科学家认为，灭活的益生菌能黏附在胃肠道黏膜表面，把有害菌围住，进而影响到有害菌的活性。还有的科学家认为，虽然发酵食品里面的益生菌失活了，但是它的代谢产物还存在，就拿乳酸菌来说，它的代谢产物在促进人体健康方面的功效并不比乳酸菌本身差，而且还是活菌的益生元来源。
口服益生菌只在肠道内发挥作用，其“小肠表皮屏障功能”会削弱有益菌的部分免疫能力。下面就来介绍一下益生菌的代谢产物：
1．短链脂肪酸
短链脂肪酸是微生物在发酵的过程中所产生的重要的代谢产物，包括甲酸、乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸、戊酸等，它们是蛋白质降解、氨基酸代谢、碳水化合物代谢的产物。
短链脂肪酸的主要作用包括：抑制有害菌生长繁殖，为益生菌创造良好的内环境，保持肠道菌群平衡；为结肠黏膜表面的细胞提供营养物质，保护肠道黏膜，提升肠道黏膜抵御外邪的能力；调节炎症反应的信号，树突状细胞存在于整个肠道黏膜内，属于白细胞的一种，它们操纵着整个消化系统对危险做出的反应，一旦这些细胞检测出肠道内有足够的短链脂肪酸，就会给免疫系统发出“停止免疫反应”的信号；短链脂肪酸还能刺激调节性T细胞的生成，控制炎症反应；短链脂肪酸不但是肠上皮细胞的重要能量来源，还会影响肠黏膜屏障和上皮细胞通透性，氧化应激反应和肠道上部运动，增加饱腹感；短链脂肪酸能降低肠内容物的pH，进而降低肠癌的发生率。
短链脂肪酸中乙酸、丙酸和丁酸的含量最高，三者大概占到了总量的90％～95％，其中丁酸不仅对癌变、炎症和氧化反应有应激作用，而且能通过影响结肠防御屏障的组分来提升屏障保护作用，防御肠道内抗原。丁酸可以修复肠道黏膜损伤，防治溃疡性结肠炎。
而丙酸可以促进人体对钙的吸收。
2．细菌素
细菌素是某些细菌代谢过程中通过核糖体合成机制产生的有抑制细菌活性的多肽或多肽前体。细菌素对分泌它的细菌没有伤害，但是却会杀伤其他细菌，微生物酵素的发酵过程中可以植入不同的乳酸菌属产生上百种细菌素。此外，细菌素还能在部分情况下取代抗生素使用。不过细菌素和抗生素仍然有很大的不同，它们的合成途径、作用方式、抗菌谱、毒性、耐药机制等都是不同的。抗生素的抑菌谱比较广，没有明显毒副作用；细菌素只对近缘关系的菌起作用，而且没有毒副作用、无残留、无抗药性，对环境没有污染等。
