微生物存在于自然界的各个地方，多数食品中也都存在着微生物，益生菌在食品制造过程中的应用方式主要包括3种：微生物菌体应用，如食用菌、乳酸菌、单细胞蛋白；微生物代谢产物的应用，如酒类、食醋、氨基酸等；微生物酶的应用，如豆腐乳、酱油。
发酵食品南来已久，就连当初毛主席都有“吃小米粥配咸菜”的习惯。古人将发酵当成一种储存食物的方法，改变口味、易于消化，虽然有些腌渍食品并不利于人体健康，但是多数发酵食品对人体还是有益的，能够为人体补充微生物酵素，维护身体健康。
现代人所吃的食物以煎、炒、烹、炸为主，到了夏天则以“烤”
为主，很少吃生食，这就导致了酵素的摄入不足。而发酵食品刚好能解决这个问题，不但能为人体补充酵素，还能提高食物的营养价值和消化率。
食物的发酵就是指微生物对食材里面的营养成分进行分解、利用的过程，不同的食材发酵过程中所产生的营养因子、益生菌也是不同的，进而生成不同的微生物酵素，对机体产生重要的生理功能。
某些微生物在发酵的过程中能产生一定量的微生物酵素、有机酸、类固醇、维生素、核酸、辅脱羧酶、细菌素等，这些物质在保健防病、抗衰老方面发挥着重要作用。
生活中，豆类、奶类、谷类并不容易被人体消化吸收，但是经过发酵之后，益生菌不但分解掉了那些不容易被消化的物质，而且会生成新的营养物质。比如，人体自身不能产生维生素B12，要靠微生物的合成才可以，维生素B12能帮助中老年人防治贫血，为素食者提供维生素B12,因为植物中是不存在维生素B12的谷类和豆类的发酵首先要经过煮沸的过程，将种子中的酵素抑制物分解，之后接种酵母菌、乳酸菌等益生菌，培养发酵，使之成熟.发酵食品使用的微生物同样能制造出微生物酵素。
