卤蛋在制作的过程中经过了比较长时间的烹煮和腌制，导致鸡蛋的营养成分流失，蛋白质性质也发生了一定程度的变化。尤其是铁蛋，烹煮时间非常长，变得坚硬，极难消化，肠胃较差的人食用之后很容易消化不良。
用无油少盐的方式烹饪的鸡蛋是最有营养的，比如白水煮蛋、蒸蛋羹和蛋花汤等。熟鸡蛋是其中营养流失最少的，煮的时候应该冷水下锅，用小火慢慢升温，等水沸腾以后用微火煮三分钟，然后停火再浸泡上5分钟，这样子煮出来的鸡蛋蛋清非常嫩滑，蛋黄凝固了但是又不老，蛋白变性程度最佳，也最容易消化。而煮沸时间超过十分钟的鸡蛋，不但口感上变老变差，而且维生素的损失也很大，蛋白质也会变得难以消化。而卤蛋只有经过长时间的卤制才能够入味，所以不可避免的会流失很多营养成分，蛋白会过度变质，变得难以消化，所以建议大家偶尔尝尝鲜可以，但是最好不要长时间食用。
卤蛋还有其他害处需要注意：
由于鸡蛋长时间泡在卤汁里面，很容易滋生细菌，而且，卤汁都是反复烧煮的，会产生很多致癌物质。
另一方面，卤汁中含有较多盐和酱油等调味料，吃太多不利用我们的身体健康。
