胚胎移植9天有黑褐色分泌物可能是胚胎着床成功，也可能是先兆流产或子宫内膜炎等原因导致的，需要鉴别诊断和治疗。
1、胚胎着床成功：胚胎移植9天后，如果在宫腔内成功的着床，可能会继续到子宫内膜，出现少量阴道出血的情况为褐色的分泌物，一般属于正常现象，不需要特殊治疗。
2、先兆流产：在妊娠期间如果不够注意休息，可能会出现先兆流产的情况，引起阴道有褐色分泌物排出，并且伴有下腹部疼痛，需要及时前往医院进行保胎治疗。
3、子宫内膜炎：胚胎移植9天后在宫腔内成功着床，如果子宫内膜存在炎症，可能会出现毛细血管破裂引起阴道有褐色分泌物，可能需要在医生的指导下，通过使用较为安全的抗生素进行治疗，比如阿莫西林胶囊、奥硝唑胶囊等。
除此之外也不排除是宫颈炎导致的，需要鉴别诊断和治疗。
