停经40天阴道出现褐色分泌物的原因是先兆性流产、内分泌紊乱、异位妊娠等，可根据原因针对性治疗。
1、先兆性流产：女性在怀孕之后出现停经40天阴道内有褐色分泌物，有可能是因为先兆性流产引起，要及时做检查在胎儿没有受到影响时可以遵医嘱口服黄体酮胶囊、保胎灵、保胎丸等药物来进行治疗。
2、内分泌紊乱：在体内激素分泌异常时，有可能会出现月经停止，还会出现下体有褐色分泌物和不规则出血，可以遵医嘱口服黄体酮胶囊、地屈孕酮片、甲地孕酮片等。
3、异位妊娠：女性在出现异位妊娠时，会在停经40天时，出现下体有褐色分泌物和腹部疼痛，要及时做检查，可以通过手术做治疗。
除以上常见因素也可能是更年期阴道炎引起，可以到正规医院做检查治疗。
