微生物的作用非常广泛，概括起来就是：抑制有害菌、促进有益菌、建立黏膜免疫屏障、防止病原菌感染、消炎，以及促进营养物质的吸收，分解、排出有毒和致癌物，调节机体内环境、活化细胞、延缓衰老等功能。接下来就详细地为大家介绍一下：
1．调节菌群平衡
肠道全长8～10米，存在着10万亿以上的微生物。肠道的自然菌群中，包括对人体有害的致病菌和对人体有益的益生菌。按重量计算的话，人体内和体表的各种微生物的总量有1．5～2．0千克，肠道内的微生物大概是1．0千克。这么多的微生物存在于人体内外，和人体相伴，可见二者之间的共生关系。
人体和菌群之间相互影响、相互作用，稳定而庞大的菌群对于人体的各项生命活动都有影响。肠道菌群中，各种细菌都有其生存部位。当它们存在于相应的部位时并不会对身体造成伤害，但是如果大量存在于其他部位就可能致病。各类细菌的生长繁殖和代谢正常有序，处在动态平衡的状态下，人体才能健康。一旦这种动态平衡被打破，人体的营养状况、生理功能、抗病能力就会发生变化，诱发一系列问题。由此可见，维持肠道菌群的动态平衡是维持人体健康的基础。
不同的年龄阶段，肠道菌群的种类、数量也是不同的，比如，婴儿期肠道中双歧杆菌占肠道总菌数的90％以上，有助于维持婴儿稚嫩的肠道和消化功能；随着年龄的增长，肠道中的双歧杆菌和乳酸菌等益生菌的数量会减少，腐败菌增加，此即肠道老化，接下来出现的就是便秘、腹泻、肠道炎症等。
曾有学者对长寿村中的百岁老人的肠道双歧杆菌进行调查，发现他们肠道中的双歧杆菌的数量和年轻人肠道中的双歧杆菌数量一样，揭开了长寿的秘密。现在有很多人年纪轻轻肠道之中的有益菌就大量减少，和他们不良的饮食习惯有很大的关系。
2．建立黏膜免疫屏障
免疫系统是人体最重要的防御系统，对外能预防致病菌、毒素和过敏源，对内可以处理衰老、异常的细胞。20世纪60年代以前，免疫系统包括细胞免疫、体液免疫两种免疫方式。而黏膜免疫方式却并未得到人们足够的重视。
人体中和外界相通的器官和组织，如消化道、呼吸道、生殖道等，都覆盖着结构复杂的黏膜，构成了黏膜系统。肠黏膜上的绒毛和微绒毛上，细菌通过分泌黏附因子黏附其上，各种肠道细菌密密麻麻地排列在肠道黏膜上，构成肠道黏膜表面第一道屏障--生物屏障。乳酸菌和双歧杆菌是有代表性的益生菌，通过黏膜占位排挤致病菌，通过争夺营养物质、产生酸性代谢产物、细菌素、过氧化氢等，直接抑制、杀灭病原微生物，通过代谢产生的酵素和解毒物质来减少、排出有毒物质，净化肠道。
肠黏膜上肠道上皮细胞紧密排列，构成了致密而坚实的机械屏障，它是肠道黏膜的第二道屏障。一般来说，只有葡萄糖、氨基酸、维生素、酵素、免疫球蛋白、矿物质、微量元素、水分子等可以通过肠道上皮细胞和细胞间隙进入到黏膜下血管，通过血液循环将营养物质输送到各个组织和器官，一旦致病微生物和有毒物质通过第二道屏障，就要靠第三道屏障进行防御。
第三道屏障就是黏膜免疫屏障。肠道黏膜免疫系统主要是指肠道相关的淋巴样组织。是全身最大的淋巴器官、当致病菌、病毒、有毒物质侵袭黏膜组织的时候，最先刺激的是NK细胞，它能杀灭、清理掉受损的黏膜细胞，同时，黏膜下的免疫T细胞在抗原的刺激下，一方面攻击、破坏潜入病毒的细胞、癌细胞，同时将信息传递给免疫B细胞，抗原不同，B细胞产生的抗体也不同，最终消灭致病菌和有害抗原。
如果黏膜中的有益菌实力很强，那么这三道屏障的作用则强，即可保护人体健康。但是随着年龄的增长和其他因素的影响，有益菌的数量会逐渐减少，外界病菌就会容易冲破这三道屏障进入人体，为疾病的发生发展埋下隐患。研究表明，黏膜系统中的T淋巴细胞、B淋巴细胞、免疫细胞占整体免疫系统的80％，主管人体免疫过程。
口服微生物酵素，通过刺激局部免疫，让远端产生免疫应答，产生系统间和全身的免疫反应，能治疗其他免疫系统疾病。比如，肠道黏膜免疫能在肺部产生免疫效应，即协同免疫，已经应用在临床，效果非常不错。
3．抗感染、消炎
在我们的体内体外有无数的细菌和病毒，感染随时都有可能发生，不过人体有自身的防御系统，所以外邪也不是那么容易入侵的．可是一旦人体的抗病能力下降了，致病菌就会容易入侵，进而诱发各类疾病。微生物的抗炎、抗感染作用主要表现在以下3方面：
(1)通过调节肠道菌群平衡来完善、加强黏膜表面的生物屏障，保护黏膜免受致病微生物和毒素侵袭，进而减少应激反应对黏膜的损伤和肠源性疾病的出现。
(2)益生菌代谢产生的细菌素、过氧化氢可以有针对性地抑制或消灭致病菌，它的消炎、抗菌、抗感染功效是非常好的。
(3)微生物酵素可以活化NK细胞和吞噬细胞，提升机体免疫系统的协同作用，临床证实它对各种阴道炎都有疗效，在治疗急慢性呼吸道炎症的时候效果也是比较明显的。
4．促进营养物质的吸收
微生物酵素通过其催化作用和分解发酵的作用，不但能将食物中的大分子分解成能被人体吸收利用的小分子物质，而且能产生出很多新的营养元素，供细胞所需，增强体质。
微生物酵素进入食物的消化过程中之后，会和身体中消化道所分泌的消化酵素协同，将蛋白质转化成小分子氨基酸，而且还必须有益生菌对食物的水解发酵作用，才可以完成营养物质的消化过程。
