核桃油在烹调、贮存不当时，可引起血脂异常、动脉粥样硬化、炎症反应加重等危害。核桃油摄入量过多会导致代谢综合征如肥胖、高脂血症、高尿酸血症等。
其中以亚油酸甘油酯、亚麻酸甘油酯、油酸甘油酯为主要成分，饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸分别占92.2%和亚麻酸的7.8%。因为核桃油富含不饱和脂肪酸甘油酯，所以核桃油比其它烹调油如玉米油、调和油容易氧化、酸败和变质。用来烹调的核桃油不能加热，但高温会使不饱和脂肪酸甘油酯氧化，产生自由基和过氧化脂，对人体造成伤害。此外，核桃油极易氧化，因此其保质期较短。核桃油氧化后具有明显的酸败味，使其营养价值降低。平时使用核桃油烹调的时候不要长时间高温加热，最好是在打开盖子后2个月内食用。
因为核桃油是一种高热量的调味品，成年人推荐每天食用20-30 ml烹饪用油，大概2-3汤匙。长时间摄入过多会增加肥胖、高脂血症、痛风等疾病的危险性。在药膳上，长期食用核桃油容易引起上火。另外，经常食用核桃油会造成脂肪酸来源过于单一，因此建议定期更换烹饪油。
