白果主要含黄酮类，其主要成分为山奈黄素、槲皮素、芦丁、白果素、银杏素、穗花双黄酮等
尚含奎宁酸等有机酸、银杏酸,银杏酚,等酚类，以及银杏醇,蛋白质、脂肪、碳水化合物、钙、磷、铁、胡萝卜素等。其毒性成分为白果酚.
种子含少量氰甙、赤霉素和动力精样物质。内胚乳中还分离出两种核糖核酸酶。一般组成为：蛋白质6.4%、脂肪2.4%、碳水化物36%，糖6%(主要为蔗糖)，钙10毫克、磷218毫克、铁1毫克%，胡萝卜素32微克、核黄素50微克%，以及多种氨基酸。
外种皮含有毒成分白果酸、氢化白果酸、氢化白果亚酸、白果酚和白果醇。尚含天门冬素、甲酸、丙酸、丁酸、辛酸、廿九烷醇-10等。银杏果实之所以会散发出臭味，是因为果实外皮含有大量的氢化白果酸和银杏黄酮,臭味是由这两种物质混合产生的
