子宫内膜异位症的发生有很多的原因，而这些问题的出现，对女性来说是会严重的造成一些生殖影响的，常见的原因有体内免疫缺陷，或者是本身有家族遗传，都容易出现这些问题。
1.种植学说
经血逆流，内膜种植。月经期，经血从宫口、阴道排出体外是顺流而下，但是有小部分经血或因其他原因夹杂着脱落的子宫内膜碎片，由输卵管道流入腹腔，种植在盆腔脏器的表层形成子宫内膜异位病灶。
2.化生内膜
浆膜上皮，化生内膜。人体在胚胎发育时期，卵巢表面上皮、腹膜、阴道直肠膈、脐部均由体腔上皮化生而来，这些组织在性腺激素、炎症、机械因素的刺激下能够转化，形成另一种组织，同样可以化生为子宫内膜。
3.良性转移
血液、淋巴良性转移。这是一种较为罕见的发病原因。出现在肺部、脑膜、心包、四肢及其他远端的子宫内膜异位症，是通过血液循环或淋巴系统将子宫内膜碎屑转移停留在某脏器或组织上而发病。
4.医源性的内膜移植
这是一种人为造成的使子宫内膜移植到某些部位，多见于剖宫产术，早期中期妊娠行刮宫术，分娩时行会阴侧切术，人工流产术等过程中。
5.免疫防御功能缺陷
随经血逆流至腹腔的子宫内膜，如同一种异物，会激活身体内的免疫系统，动员出大量的免疫细胞及体液围歼消除，假如体内免疫功能缺陷，就会发展成为子宫内膜异位症。
6.遗传因素
子宫内膜异位症具有一定的遗传倾向和家族聚集性，有家族病史的人患此病居多。
