巧克力囊肿是出现在女性卵巢里面的一种疾病，这会严重伤害女性的健康，所以积极的治疗非常重要，治疗的方法有很多，比如西药治疗、中药治疗以及手术疗法等等。
1、中药治疗：
中药治疗疾病是目前临床上较为常用的一类方法，因其副作用较小而受到广大患者朋友一致的看好，并且服药方便，不伤损，不住院，痛苦风险小，不影响工作生活。虽然说能够免除手术带来的一系列心理压力，但是临床上效果却不明显。
2、西药治疗：
药物的治疗方法除了可以采用中药以外，西药自然是除此之外又一方便且常见的方法了，对于早期发现且没有产生实质性病变的患者，早期科学对症用药一般能够取得不错疗效，但一定要注意控制用药，否则可能会带来较多副作用。因而造成卵巢巧克力囊肿的因素也对于疾病治疗很是重要。
3、手术治疗：
除了药物治疗，手术基本上是治疗本病的又一个有效方法，一般对于药物治疗没有明显效果，或是病情发展到了一定程度之后的疾病，往往采用手术的方法加以治疗能够取得满意疗效。
4、放射疗法。
治疗卵巢囊肿常作为手术后的辅助治疗或晚期患者的故息治疗，对残留肿块直径小于2cm者较为合适，但有一定的副作用，须谨防对卵巢的额外威胁。
5、采用药物或（和）手术治疗（保守性或根治性）。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。
