人流后第三天小腹疼痛是生理反应、宫腔残留、盆腔炎症等原因引起，这时候还需要尊重医嘱到医院复查。
1、生理反应：在做人流手术时候对女性身体有一定伤害，短时间内有可能会引发小腹隐隐作痛症状不是特别严重，需要密切关注个人身体恢复情况。
2、宫腔残留：疼痛感比较强烈，怀疑是宫腔残留原因引起，要到医院做腹部B超检查，明确诊断后要做清宫手术。
3、盆腔炎症：在流产后没有做好个人清洁卫生，也有可能会使病原菌入侵引发妇科炎症，临床上也有腹部疼痛，要在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星片、妇科千金片、甲硝唑片等药物。
在流产后要注意休息，还要做好个人保暖工作，不要做重体力劳动。
