肚子疼有褐色的分泌物可能是因为排卵期、子宫肌瘤、盆腔炎症等，需要明确原因做治疗。
1、排卵期：排卵期会出现腹部生理性的疼痛，并且也会伴有少量的出血，可能会形成褐色分泌物，一般不需要药物治疗。
2、子宫肌瘤：子宫肌瘤通常会导致子宫内膜壁受到破坏，可能会引起子宫出血，容易形成肚子疼痛和有褐色分泌物，可以配合医生做手术切除治疗。
3、盆腔炎症：盆腔炎症会导致盆腔内膜充血性破裂出血，可能会引起肚子疼痛和有褐色分泌物，可以配合医生通过阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊、甲硝唑胶囊等药物治疗。
除了以上原因以外，也有可能是因为子宫内膜异位症、子宫腺肌症等，需要就诊以后做治疗。
