药流40天有褐色分泌物可能是月经来潮征兆、子宫收缩不全、药物流产不全等原因导致。
1、月经来潮征兆：在药流以后，如果出现了褐色分泌物的情况，有可能是下次月经来潮的征兆，属于正常的生理现象，不用特殊的处理，做好个人的卫生。
2、子宫收缩不全：在药流以后自身体质比较差，可能会导致子宫收缩不全引起以上症状发生，指导下选择新生化颗粒、益母草颗粒、产妇康颗粒等药物进行治疗。
3、药物流产不全：当患者出现了药物流产不全的问题，可能会出现以上问题，需要到医院通过清宫手术等方式改善。
除以上原因以外，有可能跟子宫内膜炎疾病有一定关系，需要到医院就诊，根据自身的病因选择合适的方法治疗。
