药流后第三个月月经不来可能是怀孕、宫腔粘连以及月经不调所造成的。如果是怀孕，不需要特殊的治疗，如果是其他情况，就需要采取药物、手术治疗。
1、怀孕：药流后卵巢会逐渐的恢复排卵，如果在同房的时候没有采取避孕措施，药流后三个月基本已经恢复，如果没来月经，怀孕的可能性还是比较大的，可以通过试纸以及超声检查的方式进行判断，如果确定是怀孕，要多休息，避免过度劳累。
2、宫腔粘连：药物流产会对宫腔造成严重的损伤，从而出现月经改变以及停经的症状，严重者还会导致三个月月经不来。需要到医院做超声检查，然后通过宫腔镜手术解除粘连的方法治疗。
3、月经不调：药流后体内的激素水平会有所改善，从而诱发月经不调的症状，可以在医生的指导下服用黄体酮胶囊或者乌鸡白凤丸等药物治疗。
