月经干净后腰痛小腹痛可能是着凉、过度劳累、阴道炎等原因导致的，患者可以到医院检查，确定病因，对症治疗。
1、着凉：月经期间一般免疫力比较弱，如果没有注意保暖，可能会导致阳气清除，体内引发宫寒，容易出现腰痛、腹痛的情况，可以在医生的指导下，通过推拿、针灸、艾灸等方式改善血液循环，减轻症状。
2、过度劳累：如果在月经期间从事了体育劳动或者经常熬夜，可能会导致内分泌受到影响，引起腰痛腹痛，可以通过调整作息，减少工作力度，保持充足的睡眠缓解症状。
3、阴道炎：如果经期卫生不佳，可能会引发阴道感染，从而导致腰痛腹痛，可以在医生的指导下使用甲硝唑阴道泡腾片、苦参凝胶、保妇康栓等药物治疗。
除了以上常见的原因外，还有可能是子宫内膜异位症导致的，患者可以到进一步检查治疗。
