药流40天咖啡色分泌物可能是药流没有干净、要来月经、炎症感染等原因引起的，要针对原因进行改善。
1、药流没有干净：流产之后如果子宫当中有妊娠物残留，可能会伴随阴道有咖色分泌物排出，需要做B超检查，确诊之后要通过清宫手术的方式进行改善。
2、要来月经：在做完药物流产40天之后，出现了咖啡色分泌物，与月经要来也有一定的关系，如果没有出现任何不适症状，一般情况下是不需要进行特殊改善的。
3、炎症感染：药流之后如果出现了炎症感染，诱发了阴道炎或者子宫内膜炎，也会引起咖色分泌物，可以在医生指导下合理使用抗感染类的药物做改善，比较常用的药物有甲硝唑片、阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等。
