怀孕引起的囊肿一般要根据囊肿类型采取不同的方法治疗，例如黄体囊肿、子宫内膜异位囊肿、卵巢囊肿等。
1、黄体囊肿：是指囊腔直径超过三厘米的黄体，多处是女性发展之后血液流入黄体腔内造成的，属于正常的生理性囊肿，大部分黄体囊肿可自行消失，对身体健康无害，部分那种可持续性增长可引起腹部疼痛或造成月经推迟、闭经等，建议卧床休息，补充血容量，例如血浆、葡萄糖、生理盐水等，对于出血比较多，甚至黄体囊肿发生扭转破裂者，可考虑腹腔镜手术切除囊肿治疗。
2、子宫内膜异位囊肿：通常是发生在创伤部位的囊肿，如果不及时治疗，可能造成子宫内膜发展蔓延，逐渐的形成输卵管、卵巢、盆腔异位子宫内膜囊肿，一般以手术切除治疗为主，例如腹腔镜手术、开腹手术等。
3、卵巢囊肿：是指卵巢内部表面生成的囊状结构，可能与激素水平异常、感染、饮食、环境等因素有关，随着囊肿日益增大，可能造成下腹部坠胀、不适等，甚至会造成结缔组织扭转、囊肿破裂、继发感染等，对于囊肿体积直径大于5厘米者，可考虑手术切除治疗，较为常用的手术方法是卵巢囊肿剥除术，是保留卵巢，仅切除囊肿。如果卵巢囊肿癌变，需要切除输卵管、卵巢、子宫等，一般称之为附件切除术，术后还需要配合医生放化疗进行治疗，从而维持生存周期。
